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6 abril 2015 1 06 /04 /abril /2015 22:11

 http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d9/195_Arabis_alpina.jpg 

 

2015. "Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation". Nature Plants.

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La Arabis alpina es una planta perenne y resistente a temperaturas extremas. Todas las características ahora desveladas, subrayan la importancia del epigenoma en la evolución de la familia botánica a la que pertenecen la col, la mostaza, la colza.

Investigadores del Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas (CBGP), formado por la Universidad Politécnica de Madrid (UPM) y el Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA), han participado en la secuenciación del genoma y el epigenoma de la Arabis alpina.

 

Figure 2

http://www.nature.com/articles/nplants201423/figures/2

 


Descifran el genoma y epigenoma de la ‘Arabis alpina’

La canastilla de plata (Arabis alpina) es una planta que pertenece a la familia de las Brassicaceae, que incluye más de 3.000 especies diferentes, entre ellas varias cosechas de gran importancia económica como la colza, la col o la mostaza. La secuenciación del genoma y epigenoma de esta planta aporta claves sobre su resistencia a temperaturas extremas


El trabajo, para el que se han empleado las técnicas más avanzadas de secuenciación genómica, epigenómica y de bioinformática, ha revelado que el genoma de la Arabis alpina abarca 375 millones de pares de bases de ADN (Mb), casi tres veces el de la Arabidopsis thaliana (130 Mb), una especie estrechamente relacionada y que se tomaba como referencia para su investigación hasta el momento.

"Siendo esta una especie perenne y resistente a temperaturas extremas, esta investigación básica puede ayudar a obtener cosechas con estas características"

Las razones para ese mayor tamaño responden principalmente a la acumulación de transposones (secuencias repetidas móviles capaces de replicación autónoma en el genoma), que representan cerca del 50% del ADN del núcleo de la célula. En el caso de la Arabidopsis thaliana, esas secuencias repetidas solo suponen un 25% de ese ADN.

Conocer el ADN de una planta resistente al cambio climático

Los datos, publicados en la revista Nature Plants, revelan que en la Arabis alpina, un especie perenne y resistente a temperaturas extremas, estos elementos transponibles (secuencias de ADN que pueden cambiar de posición dentro del genoma) son más abundantes en la proximidad de los centrómeros cromosómicos y su actividad está determinada por modificaciones epigenéticas especiales, como metilación de lisinas en ciertas histonas o la escasa metilación de citosinas en el DNA. Todas estas características, hasta ahora desconocidas, subrayan la importancia del epigenoma en la evolución de la familia de las Brassicaceae.

“Siendo esta una especie perenne y resistente a temperaturas extremas, esta investigación básica puede ayudar a obtener cosechas con estas características. Este tipo de cultivos probablemente serán altamente demandados en un futuro próximo para alimentar a una población creciente (más de 9.000 millones en 2050) en condiciones adversas, como el cambio climático”, explica Pilar Carbonero, investigadora del grupo de Biotecnología y Genómica de Semillas del CBGP.

El trabajo, en el que también ha participado un grupo de investigadores coordinado por el profesor J. Paz-Ares del Centro Nacional de Biotecnología (CNB) del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), ha sido realizado por un consorcio internacional trilateral (Alemania, España y Francia) liderado por el profesor. G. Coupland del Instituto Max Planck (IMP) de Colonia, y en él han participado también grupos del IMP de Tubinga, del INRA de Versailles-Grignon y del CNRS de París (Francia).

http://www.agenciasinc.es/Noticias/Descifran-el-genoma-y-epigenoma-de-la-Arabis-alpina

 

Referencia bibliográfica:

Willing, E-M; Rawat, V; Mandáková, T; Maumus, F; James, GV; Nordström, KJV; Becker, C; Warthmann, N; Chica, C; Szarzynska, B; Zytnicki, M; Albani, MC; Kiefer, C; Bergonzi, S; Castaings, L; Mateos, JL; Berns, MC; Bujdoso, N; Piofczyk, T; de Lorenzo, L; Barrero-Sicilia, C; Mateos, I; Piednoël, M; Hagmann, J; Chen-Min-Tao, R; Iglesias-Fernández, R; Schuster, SC; Alonso-Blanco, C; Roudier, F; Carbonero, P; Paz-Ares, J; Davis, SJ; Pecinka, A; Quesneville, H; Colot, V; Lysak, MA; Weigel, D; Coupland, G; Schneeberger, K. 2015. "Genome expansion of Arabis alpina linked with retrotransposition and reduced symmetric DNA methylation". Nature Plants. DOI:10.1038/nplants.2014.23.

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Figure 1

Phylogenetic reconstruction and karyotype evolution support a distinct phylogenetic placement of A. alpina.

 

 

Despite evolutionary conserved mechanisms to silence transposable element activity, there are drastic differences in the abundance of transposable elements even among closely related plant species. We conducted a de novo assembly for the 375 Mb genome of the perennial model plant, Arabis alpina. Analysing this genome revealed long-lasting and recent transposable element activity predominately driven by Gypsy long terminal repeat retrotransposons, which extended the low-recombining pericentromeres and transformed large formerly euchromatic regions into repeat-rich pericentromeric regions. This reduced capacity for long terminal repeat retrotransposon silencing and removal in A. alpina co-occurs with unexpectedly low levels of DNA methylation. Most remarkably, the striking reduction of symmetrical CG and CHG methylation suggests weakened DNA methylation maintenance in A. alpina compared with Arabidopsis thaliana. Phylogenetic analyses indicate a highly dynamic evolution of some components of methylation maintenance machinery that might be related to the unique methylation in A. alpina.

 

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Published by Malcolm Allison H malcolm.mallison@gmail.com - en Ciencias Innovación Tecnología
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  • : Ecología y sostenibilidad socioambiental, énfasis en conservación de ríos y ecosistemas, denuncia de impacto de megaproyectos. Todo esto es indesligable de la política y por ello esta también se observa. Ecology, social and environmental sustainability, emphasis on conservation of rivers and ecosystems, denounces impact of megaprojects. All this is inseparable from politics, for it, the politics is also evaluated.
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  • Biólogo desde hace más de treinta años, desde la época en que aún los biólogos no eran empleados de los abogados ambientalistas. Actualmente preocupado …alarmado en realidad, por el LESIVO TRATADO DE(DES)INTEGRACIÓN ENERGÉTICA CON BRASIL
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